Se carga y ejecuta los programas en la memoria RAM del computador (aunque es capaz de funcionar con menos, el mínimo de RAM recomendado es 256 MB).

Los cambios realizados en el sistema se guardan en un archivo de sesión con extensión .2fs, .3fs o .4fs, que se almacena en una partición seleccionada por el usuario, con un tamaño superior al que ocuparían los paquetes instalados personalmente.

[3]​ Existen dos modos (tipos) de instalación en discos, sin importar si se trata de discos duros o memorias flash, internos o externos:[4]​ Si se arranca desde un CD o DVD, es posible crear el archivo de almacenamiento y guardar los cambios en el disco sin instalar Puppy, esto se conoce como el modo live.

Permite elegir un navegador, tal como Chrome, Firefox, Opera o Seamonkey.

De Puppy se desprenden gran cantidad de Pupplets, (variantes del Sistema operativo) algunos cambian el administrador de ventanas, algunos incorporan XFCE (NOP, Saluki, Valiant Ship), Openbox (Three-Headed Dog, Lxpup, Puppy-es), IceWM (HaRo), Fluxbox (Slimpup) y, con menos frecuencia, Enlightenment (Macpup) o KDE (KD-pup).

A otros se les incorporó controladores de video para poder ejecutar el Compiz (Tipsy, Wnop, Vestapup, Tigerpup etc) y también versiones para netbooks como Asus Eee (Puppeee) y Acer one.

[9]​ Macpup incluye diversas aplicaciones libres muy livianas que respetan la filosofía de Puppy de "correr bajo cualquier PC", tales como AbiWord, Gnumeric, SeaMonkey y Opera para Linux con todas sus funcionalidades.

Puppy Linux ha sido criticado por ejecutar todos sus usuarios como root (aunque en su versión Puppy Precise, están estableciendo un usuario no root, llamado "fido", esta en beta) y su falta de aplicaciones disponibles.