El Puerto de Malabo[1]​ es un puerto comercial y marítimo localizado en la ciudad de Malabo en la provincia de Bioko Norte en la isla de Bioko en la parte insular y más septentrional del país africano de Guinea Ecuatorial.

Se divide en 2 partes o secciones llamadas Puerto Viejo y Puerto Nuevo ambos sobre la Bahía de Santa Isabel, esto debido a que en los últimos años ha sido sometido a un proceso de remodelación y ampliación para adaptarlo a los nuevos tiempos y necesidades.

Es gestionado por la Administración de Puertos de Guinea Ecuatorial (A.P.G.E.).

En 1987 se produjeron denuncias en contra de ciudadanos de Guinea Ecuatorial que obligaban presuntamente a embarcaciones españolas a permitirles abordar sin su autorización para llegar hasta la ciudad de Bata en el continente, lo que produjo un incidente diplomático y la destitución del entonces director del Puerto Santiago Elá.

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