El puerto se estableció entre 1880 y 1887 aguas arriba de la confluencia de los ríos Rin y Meno, pero tiene una larga historia que se remonta a la Edad Media e incluso a la antigua Roma.
Durante el antiguo imperio romano Maguncia ('Mogontiacum' para los romanos) fue una importante ciudad fronteriza y capital regional que incluía un puerto comercial en el 'Dimesser Ort' (en la zona del actual puerto),[2][3] y un puerto militar (en la zona de la ciudad antigua),[2][4] desde el cual los navíos romanos patrullaban el Rin.
[4] Tras lo cual se redujo mucho el tamaño de la ciudad, pero en 1317 se convirtió en una ciudad de mercado y recibió el derecho de que cualquier barco mercante que navegase por el río debía desembarcar sus mercancías y ofrecerlas en venta durante tres días en la ciudad, pudiendo después continuar el viaje con lo no vendido.
En consecuencia se formaron dos áreas portuarias en la ciudad: el Winterhafen (puerto de invierno) al sur de la ciudad antigua (justo al norte del Südbrücke), y un nuevo Zollhafen (puerto aduanero) al norte de la ciudad, donde el vijo puerto comercial romano.
En su tiempo fue considerado uno de los más modernos puertos fluviales del mundo.