[4][5] Puerto Morelos, Leona Vicario y Alfredo V. Bonfil, fueron las tres delegaciones en el municipio de Benito Juárez, que a partir de 2011 elevaron su rango a nivel de alcaldía, órgano descentralizado y auxiliar en la administración del municipio.
El 6 de noviembre de 2015 se publicó el decreto con el que se emancipó del municipio Benito Juárez con cabecera en Cancún, para convertirse en el undécimo municipio de Quintana Roo.
El decreto entró en vigor a partir del 6 de enero de 2016 y se instaló un Consejo Municipal, mientras se elegía al primer ayuntamiento que tomó posesión el 30 de septiembre de 2016 con Laura Fernández Piña como primera presidente municipal.
El municipio de Puerto Morelos se encuentra en la zona norte del estado de Quintana Roo, al norte colinda con los municipios de Lázaro Cárdenas y Benito Juárez, al este con el municipio de Benito Juárez y el mar Caribe, al sur con los municipios de Solidaridad y Lázaro Cárdenas, y al oeste con el municipio de Lázaro Cárdenas.
Debido a la naturaleza kárstica del suelo continental, el agua de lluvia se filtra rápidamente a través de la roca calcárea hacia el acuífero, por tal motivo los ríos son subterráneos.