Es llamada "El corazón de las Galápagos" por ser el centro económico del archipiélago y su ubicación geográfico.

Sus orígenes datan inicios del siglo XX, pero es desde su designación como cabecera cantonal, cuando presenta un acelerado crecimiento demográfico hasta establecer un poblado urbano, que sería posteriormente, uno de los tres núcleos urbanos de Galápagos.

Durante la mayor parte del año recibe la brisa fresca del mar que da a la ciudad un clima muy agradable, sobre todo durante los meses de la temporada cálida (diciembre a mayo).

De acuerdo con la clasificación climática de Köppen, Puerto Ayora experimenta un clima semiárido cálido (BSh), el cual se caracteriza por las temperaturas altas con una temporada lluviosa moderada, cuyas precipitaciones pueden llegar a ser intensas pero breves, por lo que a lo largo del año predomina el clima seco.

El término "parroquia" es usado en el Ecuador para referirse a territorios dentro de la división administrativa municipal.

[4]​ Santa Cruz posee 5 concejales, los cuales son elegidos mediante sufragio (Sistema D'Hondt) y duran en sus funciones cuatro años pudiendo ser reelegidos indefinidamente.

Puerto Ayora cuenta con un hospital, un centro de salud y con algunas unidades educativas.

La mayoría de los hoteles, bares y restaurantes se halla en la Avenida Charles Darwin a las orillas del mar.

Sólo se permite nadar en el manglar que está separado de la playa.