Esta rapidez ha hecho especular a algunos que tal vez el río haya sido desviado durante el período de construcción del puente, sin embargo el historiador romano Dion Casio lo niega.La versión más extendida sobre la destrucción del puente es que ésta fue ejecutada por las tropas del emperador Adriano, fiel a su política más defensiva que expansionista, por temor a las incursiones bárbaras.La inscripción, aunque no legible en su totalidad, fue interpretada por Otto Benndorf así: La acción de los elementos naturales y el saqueo de los pilares para reutilizarlos en otras construcciones han dejado pocos restos.En 1906 la Comisión Internacional del Danubio decidió destruir dos de los pilares ya que estaban obstruyendo la navegación.Hoy en día sólo los pilares de entrada son visibles en cada ribera del Danubio.
Ilustración del ingeniero Duperrex de cómo debió de ser el Puente de Trajano.