[3]​ Su origen son las regiones centrales de la actual República Democrática del Congo, desde donde migraron entre los siglos XIV y XV.

En esas fechas, los portugueses se instalaron en el río Zambeze y desde allí comerciaban con los pueblos de la zona.

A su vez, los portugueses comerciaban los artículos manganja en otros territorios como Monomotapa, al sur del río Zambeze.

En su ayuda concurrió el pueblo kololo (macololo) que se había asentado cerca de los manganja tras ser expulsado del territorio Lozi.

[11]​ Se dice que Livingston contrataba a miembros del pueblo kololo como porteadores en sus expediciones científicas.

Los reinos manganja-kololo terminaron manteniendo relaciones cordiales con el pueblo yao, pero el nguni siguió creando dificultades para ellos.

Esto permitió que el comercio de la zona logra exportar mejor sus productos, especialmente el marfil.

[4]​ Entre los años 1893 y 1894 el pueblo manganja se enfrentó a los intentos coloniales del reino de Portugal en Mozambique.

[4]​ A finales del siglos XIX, los enfrentamientos en Malawi de yaos y manganjas provocó que estos últimos se aliaran con las fuerzas coloniales británicas.

[4]​ El explorador británico Livingston describió a los manganja como personas con una enorme masa de cabellos y por su mandíbula poco saliente.

[4]​ La religión tradicional manganja se fundada en el culto Mbona, cuyo santuario principal estaba en Khulubvi, en el valle inferior del río Shire.