Para aprovechar las grandes cantidades de crustáceos y otras pequeñas criaturas que viven suspendidas en el agua, el Pterodaustro adaptó su pico para filtrar su alimento con más de 500 largos y angostos dientes.

Pterodaustro tenía una envergadura de 132 cm; su cabeza medía 23 cm de longitud y era muy estrecha con un pico curvado en el extremo.

Tenía una boca armada con más de 500 largos y angostos dientes, que presumiblemente estaban diseñados para filtrar el contenido alimenticio suspendido en agua, de manera similar a como lo hacen los modernos flamencos.

Poseía infinidad de diminutos rizos en las mandíbulas que podrían haber sido empleados para capturar crustáceos y otras pequeñas criaturas acuáticas La dieta del animal podría haberle conferido una tonalidad rosada, otro probable rasgo en común con los flamencos de hoy en día; en efecto, Pterodaustro es frecuentemente apodado el "pterosaurio flamenco".

Se sugiere que esta formación se originó cuando sucesivas y repentinas inundaciones arrasaron con nidales de este reptil.