Clasificaciones más recientes incluyen Pseudoendothyra en la superfamilia Ozawainelloidea, y en la subclase Fusulinana de la clase Fusulinata.
[3][4] Clasificaciones más recientes incluyen Pseudoendothyra en la familia Pseudostaffellidae de la superfamilia Staffelloidea.
[5] Se han descrito numerosas especies de Pseudoendothyra.
Entre las especies más interesantes o más conocidas destacan:[7][8][9] Un listado completo de las especies descritas en el género Pseudoendothyra puede verse en el siguiente anexo.
En Pseudoendothyra se han considerado los siguientes subgéneros: