Protoclepsydrops es un género de amnioto basal, del cual sus restos parecen indicar que estaba relacionado más estrechamente a los sinápsidos que a los saurópsidos, convirtiéndose en un miembro de los sinápsidos.
Si es el caso, se trata del sinápsido más antiguo que se conoce, no obstante su estatus no está confirmado debido a que sus restos eran fragmentarios.
Al igual que Archaeothyris, Protoclepsydrops se asemejaba a los lagartos modernos.
Sin embargo, Protoclepsydrops todavía poseía unas vértebras primitivas con pequeños procesos neurales, típico de los amniotos basales.
Medía hasta cuatro metros de largo, con un cuerpo largo y esbelto, mandíbula aplanada, aproximadamente cuarenta dientes pequeños.