El club fue fundado en 1984 como una institución amateur, y progresó en las competiciones nacionales hasta llegar a lo más alto, la por aquel entonces conocida como División de Honor en la temporada 2000/01, cuando compró la plaza al CLM Talavera.
Tras terminar terceros en su primer año, los gallegos finalizaron primeros en 1999/2000 y jugaron la fase de ascenso, donde cayeron ante el FC Barcelona.
Aunque el equipo no pudo ascender en el terreno de juego, aprovechó la desaparición del CLM Talavera para comprar su plaza, gracias a la posición alcanzada la campaña anterior.
Asimismo, comenzaron a llegar jugadores internacionales como Fernandinho o Marcelo, que se convirtió años más tarde en campeón del mundo con la selección española.
En 2005/06 Lugo ganó la Recopa de Europa frente al Boavista FC, su mayor título hasta la fecha.