Perseus Mandate), situándose en el tiempo en la misma línea argumental del primer F.E.A.R., justo 30 minutos antes de que éste finalice.
Se crítica su escasa evolución argumental y técnica respecto a la primera parte, aunque se alaba que mantiene la misma atmósfera de terror y nivel de acción que su predecesor.
Los concursantes tenían hasta el 22 de junio para presentar un nombre, después los 3 finalistas serían escogidos.
Una vez encontrada Aristide, esta le cuenta a Michael Becket algo acerca de un proyecto llamado "Harbinger" pero inmediatamente becket sufre alucinaciones provocadas por Alma, justo después sufren los efectos de la explosión que afecta la ciudad (originada por Pointman en el final del primer juego) y los integrantes del comando Delta quedan inconscientes.
Posteriormente es atacado repetidamente por Alma, quien según Snake Fist quiere "absorber" a Becket, atraída hacia él por la energía psíquica que ahora emite después de la operación.
Aquí, Becket descubre que Proyecto Harbinger fue un intento de crear más comandantes psíquicas similar a Paxton Fettel sin el uso de Alma Wade, y que Becket y Keegan fueron los temas más prometedores.
Proyecto Paragon, por su parte, tiene el objeto de acondicionar los niños con poderes psíquicos para trabajar para Armacham.
Con este dispositivo, es posible que Becket pueda destruir a Alma con sus propias habilidades psíquicas.
Al tomar el arma, un Asesino Replica salta de la repisa y decapita a Snake Fist, matándolo instantáneamente.
En la ruta a Still Island, el equipo de Becket es emboscada por Replicas, y el Sargento Keegan debido a las alucinaciones provocadas por Alma pierde la razón y se retira en medio de la batalla.
El juego termina cuando Becket oye al bebe que dice "Mamá" interior de Alma la cual sonríe.
Esto lo veremos cuando estemos en la escuela y descubramos que también es manejada por Armachan para realizar este proyecto.
Por eso la mayoría de los integrantes del grupo son asesinados por Alma, ya que no resisten las pesadillas y alucinaciones influenciadas por Alma, a excepción de Becket que es lo suficientemente fuerte para sobrevivir.
Al parecer los dotes recibidos por parte del proyecto, crea a los más débiles un contacto irresistible con Alma en donde ella termina asesinándolos en el transcurso del juego excepto a Becket que es capaz de resistirlos.