Con su apoyo, se desarrolló la Secret Army Organization (en español, Organización del Ejército Secreto), que tenía como objetivo a grupos, activistas y líderes involucrados en el Movimiento Antiguerra, utilizando tanto la intimidación como los actos violentos.
[9][10][11] El FBI ha utilizado operaciones encubiertas contra grupos políticos nacionales desde su creación.
Pero las operaciones encubiertas específicas bajo la etiqueta oficial de COINTELPRO tuvieron lugar entre 1956 y 1971.
Entre los Panteras Negras afectados estaban Fred Hampton, Mark Clark (ambos asesinados en 1969), Zayd Shakur, Geronimo Pratt, Mumia Abu-Jamal[24] y Marshall Conway.
No obstante, el programa fue pronto ensanchado para incluir el desbarajuste del Partido de Trabajadores Socialistas (1961), del Ku Klux Klan (1964), de los grupos nacionalistas afroamericanos, incluyendo el Partido de las Panteras Negras y la Nación del Islam, y el movimiento sociopolítico de la Nueva Izquierda por completo, que agrupaba a grupos pacifistas (contra la guerra), comunidades y grupos religiosos (1968).
En un año, el director del FBI Hoover declaró que el COINTELPRO centralizado se había terminado, y que todas las futuras operaciones de contra-inteligencia serían llevadas caso por caso.
Se revelaron documentos adicionales en el curso de juicios separados llevados a cabo con cargos contra el FBI por el corresponsal de la NBC Carl Stern, el SWP, y otros grupos.
Según Brian Glick, en "War at Home" (que se puede traducir como la "Guerra en Casa"), COINTELPRO usaba una amplia variedad de métodos, entre los que se incluyen: El FBI condujo trabajos tipo "black bag", entradas subrepticias sin órdenes judiciales, contra los grupos objetivo y sus miembros.
En 1969 el agente especial del FBI en San Francisco escribió a Hoover que su investigación del Partido de las Panteras Negras revelaba que, al menos en su ciudad, los nacionalistas Negros estaba primordialmente dando de comer a niños.
El informe final del Comité Selecto de Inteligencia del Senado de Estados Unidos, el Comité Church, concluyó que: Oficiales gubernamentales —incluyendo a aquellos cuyo deber principal es hacer cumplir la ley— han violado o ignorado la ley durante largos periodos temporales y han abogado y defendido su derecho a incumplir la ley.