El personaje principal, Arima Ahiru (Ahiru significa "pato" en japonés), obtiene un broche mágico que le permite sentir cuando algún trozo del corazón del príncipe está cerca y convertirse en Princess Tutu para recuperarlos.
Como es común en otras series shōjo, los capítulos siguen una fórmula típica del género, se produce un problema que lleva a que el personaje principal se transforme y salve el día, en este caso, con su danza.
La mayor antagonista desafía cualquier categorización; siendo simultáneamente villana, trágica, heroica y compasiva.
El príncipe le siguió, y para lograr sellarlo tuvo que romper en pedazos su corazón.
Kinkan-chou es una ciudad circular donde los humanos se mezclan con animales humanizados que hablan, van a clase, trabajan.
Ahiru comenzará una lucha hacia la verdad tratando de ayudar a Mythos, pero no sabe qué caminos le deparan en realidad.
Tal como en el anime, Ahiru se transforma en Princess Tutu para recuperar los fragmentos del corazón de Mytho.
Solo Neko-Sensei mantiene esto, el resto de los estudiantes son completamente humanos, Ahiru incluida.
Ahiru posee un colgante mágico que, cuando es apropiado, la transforma en su alter ego Princess Tutu.
Cada vez que Ahiru suelta un "cuac" en el anime, automáticamente es trasformada en un pato y regresa a su forma humana en cuanto toca agua.
Igualmente, si alguien que no sea Ahiru toma el colgante, se quedara como pato aunque toque agua.
Al regresar a su forma humana, Ahiru queda desnuda, avergonzándola constantemente con Fakir quien sale corriendo o se voltea.
Aunque Ahiru se transforma en Princess Tutu, parecen tener comportamientos y pensamientos distintos.
Princess Tutu es sabia, gracial, elegante y notablemente una mejor danzante que la torpe Ahiru.
Sin embargo, al combatir contra el monstruo cuervo, rompió su corazón con tal de sellar a esta criatura.
Pese a que el proceso es doloroso, al final se siente agradecido con la misión de Princess Tutu Al principio de la serie, Mytho parece despistado, obediente e ingenuo.
Fakir intento evitar que Princess Tutu recuperara los fragmentos del corazón de Mytho y lució muy alterado cuando Mythos comenzó a experimentar emociones.
Fakir asumió el rol del caballero cuando encontró al puro, descorazonado príncipe y lo nombró Mytho.
En el anime, pareciese que Kraehe ama enormemente al príncipe, pero su amor es agridulce.
Quizás porque sospecha que si el príncipe obtiene todas las piezas de su corazón, no la elegirá a ella, Kraehe intenta desesperadamente de evitar que Princess Tutu consiga los fragmentos del corazón y devuelva a la normalidad al príncipe.
Al ver fallar a su hija en obtener un corazón debido a la interferencia de Princess Tutu, el Cuervo continua criticándola, como lo ha hecho toda su estadía en su sello, llamando a su forma humana fea y diciéndole que los únicos que la amaran serán él mismo y el príncipe de la historia.
El papel que juega Edel varía drásticamente del manga al anime.
Con cada interacción con Ahiru, en Edel comenzaron a nacer sentimientos humanos, lo cual Drosselmeyer no había predispuesto.
En el manga, es la dueña de la tienda en donde Ahiru ve un tutú que le gusta.
Se encuentra muy interesada en saber que es el amor, por lo que constantemente pregunta si tal o cual cosa son amor y obtiene su respuesta tras ver besarse a al príncipe y su princesa.
Quien conecta la primera temporada y la segunda es Edel: el único personaje que no acepta su destino.
Fakir se une a Ahiru a pelear contra el inevitable final trágico que Drosselmeyer exige; Mytho lucha su propia naturaleza como una persona controlada por fuerzas tanto buenas como malas; Rue cuestiona su papel como Princess Kraehe y finalmente lo rechaza.
Igualmente, tanto Ahiru como Rue son atraídas hacia Mytho como el chico al que aman.
Rue se aferra a Mytho pese a que este cada vez es más corrompido por la sangre del cuervo y su interés en el papel de Tutu/Ahiru se incrementa y su interés por Rue decae.