Primož Gliha jugó 28 veces y marcó 10 goles para la selección de fútbol de Eslovenia entre 1992 y 1998.
[1] El 3 de junio de 1992, Gliha debutó en un partido amistoso contra Estonia tras ser nombrado titular.
[2] El 8 de febrero de 1994, marcó su primer gol en su tercera aparición en la victoria por 1-0 en casa sobre Georgia.
[6] El 19 de octubre del mismo año, confirmó a través de una entrevista que sería el entrenador interino para los partidos de noviembre contra Jordania y Grecia, luego de que el anterior entrenador Bernard Challandes fuera despedido.
[8]En febrero de 2024, fue reemplazado en su cargo por Franco Foda.