El Regimiento fue entrenado y asignado por Stand Watie, un conocido cheroqui a favor de la Confederación.

Aún con el estereotipo de que los sureños despreciaban a los indios americanos, Stand Watie prometió el apoyo militar de estos a los Estados Confederados.

Para cumplir esa promesa, preparó el Regimiento de Rifles Montados, que él mismo dirigió y que tuvo bastante acción en la Guerra de Secesión.

Los hombres de Watie lanzaron numerosas incursiones desde el sur del río Canadiano por todo el Norte bajo administración del territorio indio, también en Kansas y Misuri, acabando así con muchos soldados unionistas.

Stand Watie y su regimiento se rindieron oficialmente el 23 de junio de 1865, convirtiéndose en el último general confederado a deponer las armas.