Su titular tiene un mandato de cuatro años, renovable por una vez, y su nombre es acordado por la Conferencia de los jefes de Estado y de gobierno de la Unión Africana que a su vez tiene una presidencia elegida anualmente.

La elección y los mandatos están regulados por el Reglamento interior de la Conferencia de la Unión Africana, el Reglamento interior del Consejo ejecutivo y los Estatutos de la Comisión.

[1]​ La presidencia de la Comisión de la Unión Africana está apoyada por una vicepresidencia, en la actualidad ostentada por Thomas Kwesi Quartey de Ghana y ocho comisarías responsables de: paz y seguridad, asuntos políticos, infraestructura y energía, asuntos sociales, comercio e industria, economía rural y agricultura, recursos humanos y ciencias y tecnología y asuntos económicos.

Sus titulares son elegidos por el Consejo ejecutivo.

[2]​ La Comisión de la Unión Africana sirve como una rama administrativa de la Unión, y como una secretaría de la comisión del Parlamento africano.