Aunque ya en el siglo XI está documentado otro lugar con el mismo nombre, pero algo más al norte, la ciudad en su emplazamiento actual fue fundada a finales del siglo XIII y su prosperidad se asentó en los siglos siguientes gracias a los privilegios obtenidos en el comercio de la sal, pues la ciudad se encontraba en la ruta de Oro, por la que se exportaba este producto desde Passau, en Baviera, a Praga.Al término del conflicto, en 1436, Prachatice obtuvo el estatuto de ciudad real.En la guerra de los Treinta Años la ciudad perdió sus privilegios y fue saqueada varias veces y conquistada por los suecos, que exigieron un fuerte rescate por su devolución.DUrante el siglo XIX se fue desarrollando la industria textil y alimentaria, actividades a las que desde finales de ese siglo se sumaría el turismo.Al finalizar la Segunda Guerra Mundial la ciudad fue devuelta a la entonces Checoslovaquia, y expulsada la población de origen alemán, que había sido mayoritaria hasta principios del siglo XX.
