Su padre fue el Emperador Go-Toba y su madre fue la dama de honor Fujiwara no Shigeko de Shumei Mon In y posteriormente fue adoptado por la Princesa de Sen'yō Mon In, hija del Emperador Go-Shirakawa.

Sus hermanos fueron el Emperador Juntoku, el Emperador Tsuchimikado y el Príncipe Dōjonyūdō; su esposa fue la hija de Koga Michiteru y tuvo como hijo al príncipe y monje budista Chōkaku Hosshinnō.

El Príncipe Masanari apoyó a su padre durante la Guerra Jōkyū en 1221, en que se enfrentaron fuerzas imperiales y del shogunato, pero la victoria de los últimos condujo al exilio del príncipe a la provincia de Tajima (en la actual ciudad de Toyooka, en la prefectura de Hyōgo) bajo arresto domiciliario.

Después de la muerte de su padre en 1239, el shogunato le hizo una condonación y obtuvo posteriormente la libertad, hacia 1244 tanto él como su madre biológica residían en la capital, Kioto.

Como poeta waka, escribió una colección personal de poesías, el Masanari-shinnō-shū (雅成親王集, 'Masanari-shinnō-shū'?).