El emperador Carlos V ordenó construir una torre para proteger las reservas de grano en el siglo XV.

La torre luego fue convertida en una prisión y actualmente es un centro cultural.

La comuna se volvió autónoma en 1853 y asumió el nombre de Molo di Girgenti.

Fue bautizado así en honor del filósofo de Agrigento Empédocles.

Entre 2003 y 2009, la ciudad cambió su nombre oficial a Porto Empedocle Vigata Vigàta-Donnalucata, como la ciudad ficticia de las populares novelas de Andrea Camilleri, famoso escritor italiano y nativo de Porto Empedocle, sobre las aventuras del comisario Salvo Montalbano.