El nombre que se dio al pabellón obedece a la idea de homenajear a Antonio Magariños, profesor de latín del Ramiro de Maeztu y, posteriormente, fundador, impulsor y presidente del Club Baloncesto Estudiantes.
El pabellón comenzó a construirse en 1966 y, cinco años después, en 1971, fue inaugurado como terreno de juego oficial del Club Baloncesto Estudiantes.
Durante ese tiempo, el Estu compartió como sede el pabellón con el equipo de balonmano del Atlético de Madrid, conjunto que siguió diputando sus encuentros en este pabellón hasta la temporada 1991/92.
La afición estudiantil, la "Demencia", que se encontraba encantada con la posibilidad de disfrutar de un nuevo campo, se situó en un principio en estos mini-palcos, pero según crecía se fue esparciendo por las gradas laterales del Magata; lo hizo concretamente en una zona de la grada lateral frente al banquillo colegial, que durante mucho tiempo careció de asientos por petición expresa suya, algo que aprovechaban para pintar sobre esta grada de cemento sus pancartas.
En 2008 el pabellón experimentó la reforma más profunda de toda su historia: para ampliar la superficie de parqué para maximizar las posibilidades de cara a entrenamientos y partidos se tuvo que derribar la parte baja del graderío, que había permanecido invariable desde 1970.