El juego tanto como su temática y mecanismos sirve como una Parodia a la franquicia Pokémon.
[2] Pocket Mortys se juega desde una perspectiva en tercera persona y cuenta con tres pantallas básicas: el mundo excesivo, en el que el jugador navega al personaje principal; una pantalla de batalla, con vista lateral, en donde se desarrolla la batalla contra otros Mortys; y una interfaz de menú, en la que el jugador configura sus Mortys, revisa sus objetos o los ajustes de juego.
Diversos Mortys silvestres son visibles en el mundo excesivo y pueden ser capturados usando un Morty Manipulation Chip.
Cada Morty tiene sus propios puntos de salud (HP); cuando estos se reducen a cero, Morty queda aturdido y ya no puede luchar hasta que se recupere.
El jugador puede combinar dos Mortys del mismo tipo para evolucionarlos; estas evoluciones afectan las estadísticas y qué movimientos se aprenden.