En la antigüedad eran denominadas así por los griegos, diferenciándolas de las que llamaban Gimnesias, porque no tenían población indígena o talaiótica.
La primera población de las Pitiusas es pretalaiótica, pero misteriosamente, no tiene continuidad en el tiempo con la época talaiótica, y posteriormente al 1300 a. C. las islas están despobladas.
Los fenicios fueron los primeros en repoblarlas, en la segunda mitad del siglo VII a. C., y denominaron la colonia que fundaron en Ibiza colonia ebusitana (tomando el nombre de uno de los dos puertos que fundaron, Ebusus) y a las Gimnesias, Islas Baleares.
Más tarde, la Administración provincial romana denominó insulae Pityusae el conjunto de estas dos islas, y Ophiusa o Colubria cuando se referían sólo a Formentera.
Prácticamente tampoco se ve ninguna conexión entre las Islas Pitiusas y las regiones mediterráneas que las rodean, ni siquiera al Norte de África.
Así pues, Juanpere afirma que las Islas Pitiusas son una isla genética y no tan sólo geográfica.
No obstante, análisis más profundos de este linaje han descartado completamente esta teoría.
[9][10] El linaje paterno T1a1-L162(xL208) se ha podido localizar, exclusivamente, a tres lugares del mundo; Ibiza, Giresun y Cerdeña.