Cuando abandonan la isla, una armada francesa ataca la colonia y la captura.

Hawk logra escabullirse y advertir al gobernador inglés de la vecina Redmond Island, Robert Christopher Silehard, del ataque francés.

Tiempo más tarde, aparece el gobernador y le dice a Nathaniel que ha ocurrido un gran error.

Él envía entonces a Hawk a otra serie de misiones hasta que Nathaniel se encuentra con un viejo inventor que lo ayuda a encontrar un tesoro que podría derrotar al barco fantasma llamado Perla Negra.

El juego evalúa las acciones del jugador, variando con ello la reputación de Nathaniel Hawk.