Shigeru Miyamoto anunció durante la mesa redonda del E3 2008 que se había comenzado a desarrollar un nuevo Pikmin debido al gran éxito obtenido.
[18] Respecto a las novedades del juego en materia, se habló mucho del Pikmin Rosa Volador, que había aparecido en el tráiler Oficial de Pikmin 3 mostrado en el E3 2012 durante la conferencia de Nintendo, y que desde entonces había sido una incógnita.
[19] Se confirmó este nuevo Pikmin Rosa en el Nintendo Direct 4.17.2013, donde aparece en acción mostrando algunas de sus habilidades.
Así mismo, se confirmaron en el Nintendo Direct Japan del 26/06/2013 los 3 modos de juegos: 9 minutos aprox.
En esta entrega es posible volver comenzar de nuevo el mismo día e incluso regresar a días anteriores.
Los Pikmin Amarillos son resistentes a la electricidad, pueden alcanzar sitios más altos que los demás y cavan muy bien.
La edición Deluxe será compatible con los Joy-Con y el Nintendo Switch Pro Controller, por lo que el mapa aéreo no estará disponible desde la pantalla del mando como sí estuvo en Wii U.
Además de ellos también hay algunos elementos destacables como unos toboganes formados por hielo, donde es posible deslizarse para atajar el camino.
Los ecosistemas vistos en el juego son muy variados en clima, color, paisaje y especies.
En total son 5 zonas a explorar: Es un lugar tapizado de nieve y con muy poca flora.
Aquí es donde el Capitán Charlie cae al principio del juego y descubre a los pikmins amarillos.
Zona muy frondosa donde se encuentran a los Pikmin azules y pétreos (de roca).
Es desértica, con la superficie rodeada por múltiples variedades de cactus, cactáceas y plantas propias del ecosistema.
Así al conseguir comida podrán evitar que Koppai perezca por el hambre.
Viajando, envían una sonda espacial al espacio y esta descubre un planeta prometedor (llamado PNF-404) con abundantes rastros de comida.
Mientras se dirigen hacia dicho planeta ocurre un accidente y la nave donde viajan colisiona sobre la atmósfera del PNF-404, haciendo que Charlie, Britanny y Alph, salgan expulsados de la nave y caigan en diferentes zonas del planeta alejados unos de otros, mientras que la nave hace un aterrizaje de emergencia.
Por si fuese poco, al entrar a la atmósfera del planeta, la nave (llamada Drake) sufre un accidente y se ve obligada a realizar un aterrizaje forzoso, provocando que la "Llave turbolumínica", una herramienta indispensable para la nave, salga volando y se pierda en el planeta, por lo que tendrán que buscarla a toda costa, además de recolectar la fruta.
Conforme siguen explorando, encuentran a Luis inconsciente, pero un gran enemigo volador se los arrebata.
Además, en algunos apuntes encontrados en el planeta, Olimar menciona más comportamientos extraños de Luis, donde se porta indiferente y no quiere hablarle.
En su búsqueda, los tres viajeros logran hallar de nueva cuenta a Luis, al derrotar a un inmenso enemigo que se lo había tragado junto con un melón y aunque de nuevo está inconsciente, esta vez logran que confiese toda la verdad, además de recuperar todos los víveres que se había robado.
De esta manera el ser dorado escupe al Capitán Olimar y por fin lo salvan.
Por último se ve una escena final donde lo que parece ser una nave, aterriza en el planeta y los pikmin van a su encuentro.
Consiste en conseguir frutas y derrotar enemigos específicos que aparecen en un tablero de Bingo.
El equipo que logre reunir todos los objetos en una línea de su tablero (no importa la dirección, siempre y cuando sea recta, gana la partida.
Este modo y el modo de misiones son los únicos en contar con los Pikmin Morados y Blancos introducidos en Pikmin 2, sin embargo sus habilidades se vieron reducidas durante el desarrollo de la tercera entrega.
Sin embargo, en ambos, 5 de ellos son predeterminados y el resto solo están disponibles mediante su descarga por Nintendo eShop.
Aunque cabe destacar que el juego te regala 2 escenarios en cada uno de estos submodos.