Era hijo de Jean Daubenton (1669–1736) y Marie Pichenot (* ca.

[2]​ El naturalista Louis Jean-Marie Daubenton (1716–1800) era su hermano.

Fue el primer abogado en el tribunal local de su ciudad natal Montbard, y más tarde alcalde, comandante de la guarnición, lugarteniente de Policía, y agente del ejército local.

Muy interesado en temas de historia natural, Pierre Daubenton contribuyó a la Encyclopédie de Diderot una cincuentena de artículos en temas relacionados con la botánica y la zoología, y también en temas agrarios.

Tuvieron un hijo, Georges Louis Daubenton (1739–1785).