[7]​ Dado que M. meyeri posee un fuerte parecido a Pholidosaurus schaumburgensis, fue reclasificado como una especie de Pholidosaurus en 1887 por Richard Lydekker debido no sólo a su sinonimia, sino que adicionalmente el nombre Macrorhynchus ya había sido utilizado para un género de pez nombrado en 1880.

[2]​ Varias especies de Pholidosaurus fueron nombradas en el pasado, pero ya no se les considera válidas.

P. decipiens se usó para describir un cráneo parcial, BMNH 28432, que fue originalmente asignado al nuevo género y especie Petrosuchus laevidens por Richard Owen en 1878.

[8]​ Petrosuchus laevidens se basaba en este cráneo y en una rama mandibular denominada BMNH 41099, ambos recolectados en Swanage, Inglaterra.

[9]​ El holotipo es un cráneo casi completo, nombrado como DORCM G97, que carece de la porción anterior del rostro.

[5]​[12]​ Sunosuchus Goniopholis Pholidosaurus Dyrosaurus Terminonaris Sarcosuchus Bernissartia Crocodylia Theriosuchus Alligatorium Sokotosuchus Dyrosaurus Pholidosaurus Pelagosaurus Teleosauridae Metriorhynchidae Eutretauranosuchus Goniopholis Bernissartia Hylaeochampsa Borealosuchus Gavialis Crocodylus Alligator Richard Lydekker asignó Pholidosaurus a la familia Goniopholididae en 1887 junto con Hylaeochampsa, Theriosuchus, Goniopholis y Petrosuchus debido a que sus vértebras son anficelas y la órbita se comunica con la fosa temporal lateral.

[3]​ Pholidosaurus ha sido frecuentemente agrupado con otros crocodilianos longirostrinos, de hocico largo, incluyendo a los dirosáuridos y los talatosuquios.

[16]​ Los resultados de los análisis filogenéticos por Buckley y Brochu (1999) fueron atribuidos a la similitud en las características asociadas con el alargamiento del hocico visto en estos crocodilianos, incluso aunque dichas características puedan haber sido resultado de evolución convergente en cada grupo.

[19]​ Pholidosaurus ha sido recientemente reasignado a la familia Pholidosauridae, junto con los géneros Elosuchus, Sarcosuchus y Terminonaris.

(2006) concluyó que Pholidosaurus era un folidosáurido, aunque en sus análisis filogenético, los talatosuquios fueron incluidos en la familia, la cual podría ser considerada parafilética sin ellos.