Estudió en la Universidad de Atenas y luego en París.A su vuelta en Grecia, enseñó hasta 1890 antes de encargársele la construcción del Canal de Corinto.Durante su mandato el Ejército griego fue duramente derrotado en la guerra greco-turca.Protopapadakis fue condenado como responsable de la catástrofe y ejecutado en Atenas la mañana del 15 de noviembre de 1922 junto a otros condenados, como Dimitrios Gounaris, otro primer ministro griego.En el siglo XXI, la sentencia fue recurrida por su nieto, Michalis Protopapadakis, y el 20 de octubre de 2010 el tribunal supremo griego anuló la sentencia.
