La portada del disco fue creada por Dan Seagrave, quien también ha creado portadas para Pestilence, Morbid Angel, Suffocation, entre otros.
Penetralia es considerado un clásico de la banda, ya que el uso de sintetizadores, teclados y guitarra acústica en algunas canciones (predominantemente en la canción Penetralia y casi al final de Left to Rot) creaba un sonido más oscuro y tétrico.
A pesar de que Masse Broberg era el vocalista de la banda, Peter Tägtgren fue quien cantó el último tema, Penetralia.
El álbum fue lanzado sin un booklet con letras ya que Peter Tägtgren no se sentía satisfecho con las letras creadas por Masse Broberg, cosa que se repetiría para su siguiente álbum, Osculum Obscenum.
La canción God is a... se llamaba originalmente God is a Lie, pero el nombre fue cambiado para evitar controversias.