Cuando Pehr Wargentin tenía 12 años observó un eclipse lunar total que despertaría su interés de por vida en la astronomía.

En 1735 se matriculó como estudiante en la Universidad de Upsala, donde sobresalió.

[1]​ Obtuvo su maestría (entonces el grado más alto otorgado en la Facultad de Artes) en 1743 y se convirtió en docente de astronomía en 1746 y en adjunto en 1748.

Wargentin se convirtió así en el primer secretario de la Academia, que había sido fundada en 1739.

En 1756 Wargentin se casó con Christina Magdalena Raab, un matrimonio que tuvo tres hijas hasta la muerte de su esposa debido a un aborto en 1769.