y de su mujer (1807) Manuela de Echeandía y Abona y nieto materno de José Antonio Ybarra de los Santos (1774 - 1849) y de su mujer (1801) Jerónima Genoveva (Geroma) Gutiérrez de Caviedes y de la Losa (1779 - 1837).
Hermano, entre otros, del relevante empresario Tomás de Zubiría Ybarra, I conde de Zubiría, y del industrial Luis de Zubiría e Ybarra.
Asimismo, Pedro de Zubiría era sobrino del I conde de Ybarra, José María Ybarra Gutiérrez de Caviedes, tío de Fernando María de Ybarra y de la Revilla, marqués de Arriluce de Ybarra, y de Mariano de Vilallonga e Ybarra, Condado de Vilallonga.
Señor del Palacio de Yanduri, por si mandado construir entre 1901 e 1904.
Casó en Sevilla el 26 de noviembre de 1893 con María Teresa Parladé y Heredia (Bayona, 1869 - Sevilla, 23 de noviembre de 1933), dama de la Orden de las Damas Nobles de la Reina María Luisa, hija de Andrés Parladé y Sánchez de Quirós, II conde de Aguiar, y de su mujer María de Heredia y Livermore, de quien no tuvo generación.