Estuvo en Roma hasta 1581, y cuando el general Claudio Acquaviva le eligió para formar parte de la comisión de doce miembros que debían elaborar un programa de estudios, conocido después como Ratio Studiorum; pero esta comisión no llegó a iniciar su trabajo.

Volvió a Roma para tomar parte en la Congregación General V (1593).

Mientras residió en Roma como asistente, fue muy estimado por el papa Gregorio XIII, quien le consultaba con frecuencia sobre negocios importantes de la Iglesia.

Asimismo, Felipe II le eligió para el tribunal privado «Mesa da Reformação», como ejecutor del testamento de la infanta Doña María, y le propuso para primer obispo del Japón.

En diversas bibliotecas quedan manuscritos que, con mayor o menor certeza, le fueron atribuidos.