Pedro Matías de Goñi, conocido como Matías Goñi (Viana, 1647 - Ciudad de México, 1712) fue un jesuita español.
Su apostolado lo realizó en la península de Baja California.
Llegó con el Padre Kino, a quien acompañó en su épico viaje a las Californias en 1683, viaje en el que intentaron los misioneros jesuitas colonizar y cristianizar la península.
La expedición partió de Chacala, Nayarit, a bordo de dos buques "La Concepción", al mando del capitán Blas de Guzmán, donde iba el padre Goñi, y el "San José", donde iba el Padre Kino.
Matías Goñi fue superior del Real Colegio de San Ildefonso, ubicado en la Ciudad de México, donde murió en 1712.