Anteriormente jugó en Grandes Ligas para los Chicago White Sox, Minnesota Twins y Colorado Rockies.

Hernández firmó con los Padres de San Diego en 2009 como agente libre internacional.

Luego de la temporada 2011, fue añadido a la plantilla de 40 jugadores protegidos, pero posteriormente fue transferido junto a Simón Castro a los Medias Blancas de Chicago a cambio de Carlos Quentin.

El 28 de julio de 2012, Hernández fue transferido junto a Eduardo Escobar a los Mellizos de Minnesota, a cambio del veterano Francisco Liriano.

[3]​ En solo una apertura en la temporada 2014, lanzó 5 2⁄3 entradas donde permitió tres carreras y cargó con la derrota.