En julio de 2007, un acuerdo entre el Arsenal y el Figueirense llevan a Pedro Botelho al Emirates Stadium.
Llega a España tras el acuerdo firmado con el Arsenal por el cual el equipo londinense cede al club español a sus jugadores extracomunitarios para que obtengan la nacionalidad española y dejen de ocupar plaza extracomuntaria cuando regresen al club del Emirates Stadium.
Sus problemas no cesaron en el club celeste, ya que protagonizó diversos incidentes, desde peleas sus compañeros Oriol Riera y Gastón Cellerino [1] hasta enfrentamientos con el entrenador Eusebio Sacristán [2].
Lucha por los play off de ascenso a Primera División, si bien un bajón en las últimas jornadas hacen que el equipo no pueda disputar estas eliminatorias.
El club le abre un expediente disciplinario y lo dejó fuera de la convocatoria en el partido contra el Rayo Vallecano.