Regresa al fútbol en 2021 en la Primera División Amateur, tercera categoría de la AUF.[2] Fue fundado en 2003 mediante la colaboración de varios clubes locales: Barrio Obrero, Centenario, Deportivo América, Estudiantil, Independiente, Juventud Unida, Olímpico y Paysandú Wanderers.Ese año, el Paysandú Bella Vista había obtenido deportivamente el ascenso correspondiente a los equipos del interior, pero no pudo participar de la máxima categoría debido a inconvenientes económicos que arrastraba, por lo cual su plaza fue ocupada por Paysandú F.C., que era el club no-montevideano que lo seguía en la clasificación.[4] Existe controversia sobre la continuidad del club con respecto a la versión anterior, ya que otros clubes la discuten y presentaron pruebas en contrario a la continuidad institucional (misma situación que Salto FC y Deportivo Colonia).[5] En 2022 Paysandú FC SAD fue noticia por la contratación de Sebastián Abreu como entrenador del equipo.
