Ascendido al primer equipo en 1995 y conocido como Paulo César, fue utilizado regularmente durante su etapa de dos años.
[1] En 1997, Baier fichó por el Criciúma de la Serie A Brasileña, tras impresionar en un partido amistoso contra el club.
Luego comenzó a llamarse Paulo Baier, y fue un titular habitual cuando el club ganó la Série B.
Antes de la temporada 2004, Baier se mudó al Goiás también en la categoría principal.
Marcó 15 goles en la liga, la mejor marca de su carrera, durante la campaña y agregó ocho más en 2005; en este último año también terminó el Campeonato Goiano como máximo goleador, con 12 goles.
[7] Titular habitual, marcó nueve goles en todas las competiciones, ya que su equipo sufrió el descenso.
Se fue en 2019 para hacerse cargo de Brusque y volvió a Toledo en 2020.