Nació en Isla Valle, poblado que entonces pertenecía al municipio de Luque.
Se incorporó a filas del Ejército en 1845 cuando sólo contaba con 12 años.
Alén era considerado el oficial más ilustrado del ejército paraguayo.
Según Telmo López (militar argentino, que se unió al ejército paraguayo): "Alén es un joven simpático, entrador, delgado y alto y de buen perfil.
Iniciada la guerra, integrando la plana mayor del Jefe de Estado viaja al frente sur.
Este encargo se produjo en el peor momento de la guerra, ya que pronto la fortificación fue acorralada por el envolvimiento aliado, a través del río por trece acorazados y en tierra por fuerzas enemigas superiores en efectivos, hombres y caballos todos bien alimentados.
El Mariscal le contestó que no podía «autorizar ni negar nada» pues no se hallaba al tanto de los detalles de dichos planes.
Veinte días después, con unas condiciones aún más graves de las que motivaron el pedido anterior, Alén propuso nuevamente al Mariscal la urgente evacuación de Humaitá.
La tajante respuesta de López fue "resistir hasta el último hombre".
Alén consideró eso una inmolación absurda de sus hombres, y no se resignaba a sacrificarlos, pero tampoco podía desobedecer la orden recibida.
Mientras esperaba la respuesta del Mariscal López a un nuevo pedido de evacuación, estuvo más de 24 horas sin comer, dando ejemplo a sus tres mil quinientos subordinados.
Como no le llegara ningún mensaje del Mariscal acerca del abandono de Humaitá, el Coronel Paulino Alén, se llevó la pistola a la sien.
A pesar de estas heridas no murió, pero la lesión cerebral afectó irreversiblemente sus facultades mentales y su capacidad locomotriz perdiendo además un ojo.
Dice el General argentino Garmendia que los paraguayos de Humaitá "Hicieron todo lo que prescriben las leyes del honor y el ejemplo de los bravos...
Lo recuerdan una calle en Luque, otra en Asunción y una escuela en su natal Isla Valle en Areguá.
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