Después de una pasantía agrícola, completó su formación como economista colonial calificado en la Escuela Colonial Alemana de Agricultura, Comercio y Comercio en Witzenhausen, donde recibió su certificación en 1928.

Se convirtió en Ortsgruppenleiter del Ortsgruppe (grupo local) en Varel el 10 de abril de 1931, siendo en ese momento la persona más joven que ocupaba el cargo.

En el otoño de 1933, Wegener también se postuló para diputado del Reichstag para la zona de Weser-Ems, aunque el parlamento se había vuelto en gran medida políticamente irrelevante.

Esta organización, recién creada en 1933, sirvió como organismo de control central para la supervisión y dirección de todo el NSDAP y más tarde se llamó Cancillería del NSDAP.

Posee todos los requisitos previos para un alto cargo en el partido".Al mismo tiempo, Wegener fue nombrado consejero provincial de Prusia para Brandeburgo y Posen-Prusia Occidental.

Desde el principio, Wegener se mostró en desacuerdo a la idea de que Vidkun Quisling debería asumir un papel de liderazgo en el nuevo gobierno, favoreciendo en cambio la idea de que los nazis deberían establecer su propio sistema administrativo en Noruega.

Llamado Einsatzstab Wegener, colocó a hombres pro-Wegener en cada rama del Nasjonal Samling, tanto para mejorar su organización como para asegurar la complicidad con las demandas de los gobernantes nazis.

Ocupó estos puestos hasta el final de la guerra en Europa.

Esta nueva Juventud Hitleriana proporcionaría todos los futuros miembros del Partido Nazi, y la mayoría de los miembros existentes del partido serían absorbidos por las SA, que debían ser reconstituidas como una organización de veteranos.

En ese momento, Bremen ya estaba sitiada por las fuerzas del ejército británico, pero Wegener transmitió llamamientos a la población para que continuara luchando hasta el último hombre y se negó a considerar negociaciones de rendición.

En consecuencia, los británicos atacaron con artillería y bombarderos de la RAF.

[1]​ Internado en Camp Ashcan y más tarde en Fallingbostel, Wegener se sometió a un proceso de desnazificación en Bielefeld por su papel de liderazgo en el Partido Nazi y las SS.

[1]​Según archivos del servicio secreto británico, Wegener también estuvo involucrado desde 1951 a 1953 con un grupo neonazi clandestino organizado por Werner Naumann y conocido como Círculo Naumann, que participó en intentos de infiltrarse en el Partido Democrático Libre.