Después del "escándalo de la cinta" (grabación secreta de conversaciones con otros políticos) en el que estuvo involucrado Savisaar, el partido se vio obligado a ir a la oposición.

Se formó un nuevo partido por aquellos que estaban decepcionados por el comportamiento de su líder.

Savisaar se convirtió en el presidente del Ayuntamiento de la capital, Tallin.

En 1996, el candidato del PCE, Siiri Oviir, se postuló para la presidencia de Estonia.

La coalición se mantuvo hasta las nuevas elecciones en 2003, en las que el partido ganó 28 escaños.

Uno de estos diputados volvió más tarde al Partido del Centro.

En 2008, el partido criticó las políticas de Andrus Ansip, que en opinión del Partido del Centro han contribuido a los problemas económicos de Estonia en los últimos tiempos.

A pesar de su mayoría absoluta, formaron una coalición con el Partido Socialdemócrata.

Encuestas recientes sugieren que el partido es especialmente popular entre la minoría rusófona de Estonia.

En otoño de 2016, Savisaar renunció como líder del partido y Jüri Ratas fue elegido en su lugar.

[23]​[24]​ En las elecciones de 2019, el Partido del Centro perdió apoyo mientras que el Partido Reformista Estonio de la oposición ganó apoyo y ganó las elecciones.

Después de las elecciones, el líder del Partido del Centro, Jüri Ratas, rechazó una oferta del Partido Reformista para conversaciones de coalición y entabló conversaciones con Isamaa y EKRE, este último ampliamente considerado como un partido de extrema derecha.

Ratas había descartado previamente formar una coalición con EKRE durante la campaña electoral debido a sus puntos de vista hostiles.

Yana Toom, miembro del partido y su representante en el Parlamento Europeo expresó críticas a la decisión.

[36]​ El partido clama que su objetivo es la formación de una clase media fuerte en Estonia.

En un programa de Radiodifusión Pública de Estonia 'Foorum', el parlamentario del Partido Reformista Estonio, Remo Holsmer, enumeró las ideologías de otros tres partidos políticos representados en el Parlamento, pero no pudo nombrar la posición ideológica del Partido del Centro.

[39]​ El partido a menudo es descrito como populista[4]​[5]​[6]​ y los críticos han acusado a su líder de toda la vida, Edgar Savisaar, de autoritarismo hasta que se eligió un nuevo líder en 2016.