Anteriormente existía en el lugar una primitiva ermita, debido a la enorme devoción que sentía la ciudad por la patrona de la Hispanidad, es decir la Virgen del Pilar, siendo ésta una de las fiestas más populares de Santa Cruz y a la que acudían las mujeres con la cara cubierta.

Una costumbre que fue prohibida por el Ayuntamiento en 1792 con escaso éxito.

El actual templo fue edificado a costa del sacerdote José Guillén Pirón, de quien existe un retrato en la misma iglesia.

La imagen de la Virgen del Pilar fue traída desde Zaragoza por José Guillén Pirón, y la iglesia fue bendecida por el obispo Juan Francisco Guillén Isso el 2 de febrero de 1750.

Destaca entre otras imágenes la Virgen de las Angustias llamada popularmente la "Virgen Republicana" porque fue la única que procesionó después de proclamarse la república en 1931 a pesar de estar la procesión prohibida.