En el lugar en el que se encuentra la actual iglesia, anteriormente se ubicaba una capilla que fue iniciada por Don Manuel Flores Calvo.
El terremoto de 1868 habría destruido parcialmente la edificación, el pueblo nuevamente participó para la reparación y reconstrucción del daño.
Durante la Ocupación Chilena lucio nuevo colores (rojo y blanco) al igual de la Parroquia San José de Calana.
Luego de varias gestiones, el párroco Pedro Walter Figueroa Rayme y el Alcalde Angel Huanca Jarecca, se logra realizar un convenio con el Gobierno Regional de Tacna y el proyecto A trabajar Urbano se terminaría la remodelación de la Iglesia Virgen de las Mercedes.
Dicha hipótesis fue relatado por Doña Melchora Eriquita Vda.