Constituye un recurso natural de gran importancia para la economía regional, ya que en él se realizan actividades recreativas, de conservación, aprovechamiento, educación, difusión y monitoreo.

Está localizado en la isla caribeña, abarcando parte de la costa SW, S y SE..

En la isla de Cozumel existen dos vías de comunicación con el continente: la aérea, a través del Aeropuerto Internacional de Cozumel, con vuelos nacionales e internacionales; y la marítima, desde Playa del Carmen, con embarcaciones que transportan pasajeros y realizan los recorridos hacia la isla en 35 minutos en diferentes horarios; y desde Calica, punta Venado con una compañía naviera, a través del servicio de transbordador.

En el área cercana a Punta Sur existen varios cenotes y dolinas en la selva inmediatamente al norte de la laguna de Colombia, así como una pequeña meseta calcárea en Punta Celarain.

La isla está constituida por calizas sedimentarias; probablemente se encuentra, al igual que toda la península de Yucatán, sobre un basamento metamórfico del Paleozoico cubierto por más de 500 m de depósitos, fundamentalmente lechos rojos del Jurásico, que subyacen bajo una sucesión de areniscas y calizas depositadas durante el Cretácico y el Paleoceno, y sobre las que son comunes afloramientos del Terciario.

La característica geomorfológica más notoria de la isla es la presencia de una corta plataforma insular en el margen occidental, que termina entre 20 y 30 m de profundidad, dando lugar al talud insular que se precipita a una pendiente cercana a la vertical, hasta profundidades mayores de 400 m. El origen de esta terraza, que constituye una plataforma insular, no ha sido determinado, pero es muy probable que corresponda a una terraza de erosión, muy comunes en todo el Caribe y que fueron formadas por exposición alternada a ambientes submarinos y subaéreos durante las transgresiones marinas del Pleistoceno.

Estas ingresan al Caribe a través de canales en las Antillas Menores, convirtiéndose en la corriente del Caribe, la cual atraviesa el Caribe y cruza el estrecho de Yucatán para dar origen a numerosos giros importantes en el Golfo de México, así como a la corriente del Golfo.

Se presenta un clima cálido húmedo con abundantes lluvias en verano, superiores a 40 mm en el mes más seco.

Esto sin embargo es falso, ya que Cousteau nunca visitó Cozumel en ese periodo de su vida ni filmó en esa época documental alguno en Cozumel o sus alrededores, zonas que no visitó sino hasta los años 70; por lo demás, aunque se trata de un mito muy extendido, no existe una sola foto del oceanógrafo francés o de su barco en aquella mítica visita a la isla.

A pesar de que el parque en su mayor parte es marítimo, la parte terrestre alberga anfibios, reptiles, aves y mamíferos para un total de 136 especies, de las cuales destacan las tortugas dulceacuícolas (geomyda areolata), el cocodrilo (crocodylus acutus), pelícanos (pelecanus occidentalis), fragatas (fregata magnificens), murciélago (mycronycteris megalotis mexicana), zorra gris (urocyon cinereoargenteus), mapache enano (procyon pygmaeus), etc.

Las comunidades vegetales están representadas tanto por las algas, de las que hay una enorme variedad, como por pastos marinos.

Algunos ejemplos de especies de fauna y flora marina son: anémona gigante (Condylactis gigantea), coral cerebro (Diploria strigosa), coral de fuego (Millepora alcicornis), coral negro (Antipathes pennacea, A. lenta, A. grandis y A. bichitoena), camarón limpiador moteado (Periclimenes yucatanicus), cangrejo ermitaño rojo (paguristes cadenati), caracol reina (strombus gigas), tiburón gata (Ginglymostoma cirratum), tintorera (Galeocerdo cuvieri), tiburón limón (Negaprion brevirostris), tiburón toro (Carcharhinus leucas), tiburón martillo (Sphyrna mokarra), raya águila o pinta (Aetobatus narinari), barracuda, morena moteada (Gymnothorax moringa), morena verde (Gymnothorax funebris), caballito de mar (Hippocampus reidi), mero (Epinephelus guttatus), pez mariposa (Chaetodon capistratus), pez ángel azul (Holacanthus isabelita), pez damisela (Eupomacentrus fuscus), pez loro reina (Scarus vetula), pez loro arco iris (Scarus guacamaia), tortuga caguama (Caretta caretta), tortuga carey (Eretmochelys imbricata) y la tortuga verde o blanca (Chelonia mydas), entre otros.

Cada ubicación particular de buceo recibe un nombre, muchas veces haciendo referencia al nombre de la playa donde se encuentra, las opciones más conocidas en el parque son: “Paraíso”, “Las Palmas”, “Chankanaab jardines”, “Chankanaab bolones”,” Tormentos” , “Yucab”, “ Punta Tunich”,” San Francisco”,” Santa Rosa”,” Paso del Cedral”,” La Francesa”,” Punta Dalila”, “Palancar jardines”, “Palancar herradura”,” Palancar cuevas”, “Columbia pared”, “Columbia jardines”,” Punta Sur”,” Maracaibo”, “El Mirador”, y “el Islote”.