El parque cubre una superficie de unos 3.280 km² de ecosistemas naturales, administrados por Ezemvelo KZN Wildlife.

Es el mayor estuario de África y alberga, entre otras atracciones, el mayor bosque sobre dunas del mundo, con dunas que alcanzan los 180 metros de altura.

Los pantanos que rodean al lago están alimentados por el agua que se filtra de las dunas; son importantes refugios para los seres de agua dulce cuando la salinidad del lago es elevada.

El parque está formado por cinco ecosistemas, que funcionan independientemente, aunque están integrados entre sí: Aunque menos conocido que otros parques sudafricanos, como el parque nacional Kruger y el delta del Okavango, iSimangaliso alberga más especies, debido a su situación privilegiada en una zona de transición entre ecosistemas tropicales y subtropicales: Es el único parque de África donde pueden encontrarse a la vez hipopótamos, cocodrilos y tiburones.

En total, el parque alberga 147 especies de vertebrados amenazados.