La fauna es rica y variada, entre los mamíferos destacan los ejemplares de puma, tigre mariposo, torongo, nutria, perro de agua, perrito venadero, cusumbo, ulamá, kinkajú, tayra, venado, jabalí y danta.
Entre los reptiles hay que hacer mención especial a las tortugas charapa, terecay, morrocoy, la babilla, el lagarto blanco, los cachirres, cupiso y matamatá, caimán negro o yacaré assú, la anaconda, la boa o jiboia, la serpiente verrugosa, dirversas especies de rabisecas o yaracas y la serpiente coral.
Las aves más abundantes son los piuríes, los tentes, los loros, las guacamayas, los pericos y los tucanes.
Los petroglifos del parque son de importancia chamanística para los indígenas boras y mirañas que aún habitan en la región.
Los demás grupos indígenas desaparecieron durante el genocidio de las caucherías.