El clima es tropical y húmedo la mayor parte del año, con lluvias de verano que van desde 900 hasta 1300 mm.Conserva en estado natural el bioma de la yunga, caracterizado, principalmente por la pluvisilva, del tipo nimbosilva, montana.Esto, sumado a la lejanía de los centros poblados, han permitido conservar casi intacta la fauna del parque.A mayor altura crece el bosque montañoso formado por el cedro salteño (Cedrela), el pino del cerro, el queñoa y el aliso.Se encuentran tapires, pecaríes (también conocidos como: tayato o saino), jaguares, localmente llamados yaguaretés o también "tigres criollos" (Panthera onca palustris), pumas, ucumares u osos de anteojos (Tremarctos ornatus),[2] monos caí yungueños, ardillas coloradas (o nueceros), tarucas, armadillos, yaguarundíes, ocelotes, zorros, perezosos bayos y gran variedad de aves entre las que se cuentan el cóndor, el águila harpía (la mayor águila del planeta) y varias especies de colibríes.Toda visita debe anunciarse previamente contactándose con el guardaparques con destacamento en la localidad de El Lipeo.
