Actualmente dirige al Hellas Verona de la Serie A.
[1] Dio sus primeros pasos en el Us Ponte dei Nori, equipo de su país, y luego aterrizó en el sector juvenil del Vicenza.
Sin embargo, Empoli fue relegado a la Serie B al final de la temporada aunque el italiano permaneció en el club.
[10][11] Después del incidente, los jugadores involucrados: Di Michele, Massimo Loviso, Riccardo Colombo, Aimo Diana, Marco Pisano, Francesco Pratali y Zanetti fueron transferidos a otros clubes por lo que sólo quedaron Rolando Bianchi, Matteo Rubin y Angelo Ogbonna en el club.
[13] Torino y Zanetti rescindieron el contrato entre las dos partes de mutuo acuerdo.
En 2017, Zanetti asumió su primer trabajo como entrenador en el club de la Serie C Südtirol.
[25] En junio de 2024, fue oficializado como entrenador del Hellas Verona y firmó por una temporada con opción a una segunda.