En 1526 se casó con Diana Contarini, cuya temprana muerte fue en gran parte lo que le empujó a tomar la carrera eclesiástica, en la que pronto destacó, siendo nombrado en 1533 nuncio papal ante el emperador Fernando I de Habsburgo en Alemania, donde de nuevo se le encuentra en 1535 tratando asuntos personales con el gobierno.
Vergerio empezó una actividad como escritor cada vez más contraria a la Iglesia Católica y su línea oficial.
Fue llamado por el duque de Wurtemberg para escribir y hacer proselitismo, con lo que no volvió a pisar tierras italianas.
Durante esos años continuó con sus polémicos escritos y trabajó en la publicación de su Opera, cuyo primer volumen apareció en 1563.
Su obra se recuerda con un premio de ámbito europeo que han recibido autores españoles como Antonio García Teijeiro.