El programa es usado por Architect y por RStudio para producir documentos en una variedad de formatos desde archivos Markdown los cuales incluyen análisis estadísticos escritos en R y procesados con Knitr.
El formato de archivo mejor soportado por Pandoc es una versión extendida de Markdown, pero también puede leer otros formatos como lenguajes de marcado ligeros, HTML, ReStructuredText, LaTeX, OPML, Org-mode, DocBook, y Office Open XML (Microsoft Word .docx).
Puede ser usado para convertir documentos a diferentes formatos, incluyendo Office Open XML, OpenDocument, HTML, Wiki markup, InDesign ICML, libros electrónicos, OPML, y varios formatos basados en TeX (desde donde se puede producir un PDF).
Complementos para otros formatos pueden ser escritos también en Lua, los cuales son usados para crear herramientas de exportación para el Journal Article Tag Suite.
La información es automáticamente transformada en una cita en varios estilos (como son APA, Chicago, o MLA) usando una implementación de Citation Style Language.