El propio nombre Zisa se deriva del término árabe al-Aziz, que significa "noble", "glorioso", "magnífico".

En el siglo XIV se añadieron las almenas, por la destrucción de parte de la inscripción árabe (en caracteres cúficos), que embellece la parte superior del edificio.

Las modificaciones más sustanciales se han introducido en el siglo XVII, cuando la Zisa, reducida a muy malas condiciones, fue comprado por Giovanni di e Platamone Sandoval, Marqués de S. Giovanni la Mendola, Príncipe de Castelreale, Señor de la Mezzagrana y Zisa.

Algunas de las habitaciones del interior se han modificado y otros añadidos en el techo, una gran escalera fue construida, así como nuevas ventanas exteriores.

Adquirido por la Región de Sicilia y restaurada en los años 1970 y 1980 (la parte norte se había derrumbado en 1971 y ha sido reconstruida a lo largo de las líneas originales), en el día de hoy la Zisa se abre a los turistas.